高温高压染色机在使用完成后要进行清理，长期使用会在缸体内壁上产生沉积物，影响了高温高压染色机染色过程中的使用，有可能会影响染色织物的质量。

高温高压染色机经常用NaOH或酸性亚硫酸盐净洗剂洗缸来清除低聚物，也可以加入载体有利于低聚物的溶解，加入耐高温的分散剂可以减缓低聚物的沉析，快速降温和高温排液也可以预防低聚物的沉积和凝聚。
 碱垢、钙盐、纤维屑的清除，可以用盐酸或硫酸清洗，效果很好，但对不锈钢（染缸内壁普遍采用耐腐蚀不锈钢）有明显的影响，镀铬层光泽完全消失，腐蚀性很大。建议采用传化的TF-105F清缸剂，不含强酸，对缸体没有腐蚀性，清缸效果很好的。
 凝聚的染料，焦油，油脂的清除，可以采用传统的保缸工艺用保险粉、液碱，乳化剂等进行还原清洗。
另外，清洗染缸时一定要在机缸内加入适量的废布，高温高压染色机以保证喷嘴喷出来的高速水经废布处冲洗到平时难以到达的“死角”。